Orhun dergisi ise Bakanlar Kurulu kararı ile yeniden kapatılmış, bu arada Sabahattin Ali de kışkırtılarak Atsız aleyhine hakaret davası açmaya zorlanmıştır. Aleyhine dava açılan Atsız, trenle Ankara'ya gitmiş ve Türkçü gençler tarafından istasyonda karşılanarak bir otelde misafir edilmiştir.
Hakaret davasının 26 Nisan 1944 günü yapılan ilk oturumu olaylı geçmiştir. Bunun üzerine 3 Mayıs 1944 tarihinde yapılan ikinci oturuma üniversite öğrencisi alınmamış, bu yüzden de devrin Halk Partisi iktidarını şaşırtan büyük öğrenci gösterileri olmuş ve yüzlerce kişi tutuklanmıştır.
"Sabahattin Ali-Nihâl Atsız davası" olmaktan çok "Komünistliğe karşı Türkçülük davası" halini alan bu davanın 9 Mayıs 1944 günü yapılan karar oturumunda, Sabahattin Ali'ye "vatan haini" dediği için 6 aya mahkûm edilen Atsız'ın cezası hâkim tarafından "milli tahrik" gerekçesi ile 4 aya indirilmiş ve 4 aylık bu ceza da ertelenmiştir.
Atsız, cezasının ertelenmesine rağmen 9 Mayıs 1944 tarihinde mahkemenin kapısından çıkarken tevkif edilmiştir.
19 Mayıs 1944 törenlerinde Cumhurbaşkanı İsmet İnönü, Atsız ve arkadaşlarını ağır şekilde itham eden nutkunu söylemiş ve bu nutuk üzerine de Atsız ve 34 arkadaşı İstanbul 1 numaralı sıkıyönetim mahkemesinde yargılanmaya başlamıştır. Aralarında üniversite profesörü, öğretmen, subay, doktor ve üniversite öğrencileri bulunan sanıklar, sorguya çekme adı altında çeşitli işkencelere maruz bırakıldıktan sonra, 7 Eylül 1944 günü yargılanmaya başlanmıştır. "Irkçılık-Turancılık davası'' adı verilen ve haftada 3 gün olmak üzere 65 oturum devam eden mahkeme, 29 Mart. 1945 tarihinde sonuçlanmış ve Atsız 6,5 yıl hapse mahkûm olmuştur.
Atsız, bu kararı temyiz etmiş ve Askerî Yargıtay, 1 Numaralı Sıkıyönetim Mahkemesi'nin kararı esastan bozmuştur. Böylece Atsız, bir buçuk yıl kadar tutuklu kaldıktan sonra, 23 Ekim 1945 tarihinde tahliye edilmiştir.
5 Ağustos 1946 tarihinde 2 Numaralı Sıkıyönetim Mahkemesi'nde tutuksuz olarak başlayan Atsız ve arkadaşlarının davası (bu dava Prof. Kenan Öner-Hasan Ali Yücel davası adı ile tanınmıştır), 31 Mart 1947 tarihinde sonuçlanmış ve 29 oturum devam eden mahkemede bütün sanıkların beraatına karar verilmiştir.
Nisan 1947'den Temmuz 1949'a kadar kendisine iş verilmeyen Atsız, Ekim 1945-Temmuz 1949 tarihleri arasında geçinmek için kitaplarından bazılarını satmak zorunda kalmıştır. Bir müddet Türkiye Yayınevi'nde çalışan Atsız, Türk-Rus savaşlarının özeti olan Türkiye Asla Boyun Eğmeyecektir adlı kitabını da Sururi Ermete adlı şahsın adı ile yayınlamak zorunda kalmıştır.
Atsız'ın sınıf arkadaşlarından Prof. Dr. Tahsin Banguoğlu Millî Eğitim Bakanı olunca, Atsız'ı 25 Temmuz 1949'da Süleymaniye Kütüphânesi'ne "uzman" olarak tayin etmiştir.
Bir müddet bu vazifede çalışan Atsız, Demokrat Parti'nin iktidara gelmesinden sonra 21 Eylül 1950’de Haydarpaşa Lisesi Edebiyat Öğretmenliği'ne tayin olmuştur.
4 Mayıs 1952 tarihinde Ankara Atatürk Lisesi'nde vermiş olduğu "Türkiye’nin Kurtuluşu" konulu bir konferans üzerine Cumhuriyet Gazetesi, Atsız'ın aleyhine yalan yayın yapmıştır. Hakkında bakanlık tarafından soruşturma açılan Atsız'ın konuşmasının bilimsel olduğu tespit edilmiştir. Fakat Atsız 13 Mayıs 1952 tarihinde Haydarpaşa Lisesi'ndeki edebiyat öğretmenliği görevinden "muvakkat" kaydı ile alınarak yine Süleymaniye Kütüphânesi'ndeki görevine tayin edilmiştir.
31 Mayıs 1952 tarihinden itibaren emekliliğini istediği 1 Nisan 1969 tarihine kadar Süleymaniye Kütüphânesi'ndc çalışan Atsız'ın en uzun süreli memuriyeti bu kütüphânedeki memuriyet olmuştur.
Atsız, 1950-1952 yıllarında yayımlanan haftalık Orkun dergisinin başyazarlığını yaptı. 1962’de kurulan Türkçüler Derneği’nin genel başkanlığını üstlendi. 1964’ten vefatına kadar Ötüken dergisini yayımladı.
Devrin Cumhurbaşkanı Cevdet Sunay, Gaziantep'e giderken bir işçinin kendisine "idareciler Araplara toprak veriyorlar, biz Türklere vermiyorlar" sözlerine karşılık, "Türk topraklarında yaşayan herkes Türk’tür." demişti.
Atsız bunun üzerine, Ötüken'in Nisan 1967'de yayınlanan 40, sayısından itibaren "Konuşmalar, 1" (Sayı 40), "Konuşmalar, II" (Sayı 41), "Konuşmalar, III" (Sayı 43), "Bağımsız Kürt Devleti Propagandası" (Sayı 43), "Doğu mitinglerinde perde arkası" (Sayı 47) ve "Satılmışlar-Moskof uşakları" (Sayı 48) adlarıyla yayınladığı seri makalelerinde, bölücü Marksistlerin Doğu bölgelerimizde yaptıkları gizli çalışmaları açıklamıştı. Bu makaleler hakkında savcılıkça soruşturma açılmıştır. Savcılığın yaptığı ilk soruşturmada Atsız'a hiç bir suçlamada bulunulamamıştır.
Ancak bu yazılar üzerine, Ankara'daki bölücü kuruluşlar tarafından Atsız aleyhine hazırlanmış ayrılıkçılığı ilan eden bildiriler sokaklarda dağıtılmış ve aynı günlerde Adalet Partisi'nin bir Diyarbakır Senatörü, senato kürsüsünden Atsız aleyhine ağır bir konuşma yapmıştır.
Bu sistemli girişimler sonucunda, Hasan Dinçer'in Adalet Bakanı olduğu dönemde, bakanlık tahkikat açmış ve Atsız mahkemeye verilmiştir. Davanın devam ettiği 6 yıl içerisinde 12 Mart muhtırası verilmiş ve arkasından sıkıyönetim ilân edilmiştir. Sıkıyönetim mahkemelerinde Türk milletinin ve vatanının birliğine ve bölünmezliğine karşı çıkan yıkıcılar, bölücüler, komünistler ve anarşistler muhakeme edilirken, sivil mahkemelerde ise aynı hususlara daha 4-5 yıl önce dikkati çeken Atsız muhakeme edilmiştir.
Uzun duruşmalardan sonra mahkeme, Ötüken'in sahibi Atsız'ı ve sorumlusu Mustafa Kayabek'i 15'er ay hapse mahkûm etmiştir. Mahkeme başkanının karara katılmadığı ve 2-1'lik ekseriyetle verilen bu karar, temyiz edilince Yargıtay tarafından bozulmuştur. Fakat aynı mahkeme 2-1'lik kararda ısrar edince, Yargıtay kararı onaylamıştır. Atsız ve Mustafa Kayabek "Tashih-i karar" isteğinde bulunmuşlar ancak bu istekleri mahkemece kabul edilmemiştir. Böylece mahkûmiyet kararı kesinleşmiştir.
Kronik enfarktüs, yüksek tansiyon ve ağır romatizmadan rahatsız olduğu için Haydarpaşa Numune Hastanesine yazan Atsız'a, Haydarpaşa Numune Hastanesi tarafından ``Cezaevine konulamayacağı" kaydı bulunan rapor verilmiştir. Ancak 4 aylık bir rapor Adlî Tıp tarafından kabul edilmemiş ve "reviri olan cezaevinde kalabilir" şeklinde değiştirilmiştir.
Bunun üzerine infaz savcılığı 14 Kasım 1973 Çarşamba günü sabahı Atsız'ı evinden aldırarak Toptaşı Cezaevi'ne sevk etmiştir. 40 kişilik adi suçlular koğuşuna konulan Atsız, bir müddet sonra reviri olan Sağmalcılar Cezaevi'ne nakledilmiştir.
Atsız, kesinleşen 1,5 yıllık cezasını çekmek için hapse girince, Atsız'ın yazılarından, fikirlerinden ve eserlerinden feyiz alan milliyetçi bilim adamları, üniversite mensupları, gençlik kuruluşları, kültür dernekleri vasıtası ile Türk milleti, Cumhurbaşkanına başvurup Atsız'ın affını istemiştir.
Atsız, suç işlemediğini belirterek bizzat af talep etmediği halde, Cumhurbaşkanı Fahri Korutürk yetkisini kullanarak Atsız'ın cezasını affetmiştir.
22 Ocak 1974'te Bayrampaşa Cezaevi'nden tahliye edilen Atsız, 1,5 yıllık cezasının 2,5 ay kadarını cezaevinde geçirmiştir.
İbnülemin Mahmut Kemal İnal'ın tarifi ile "Atlıyı atından indirecek derecede şiddetli yazılar yazan" Atsız, ateşli ve keskin bir üsluba sahip olması yanında, özel hayatında sakin, kibar, mülâyim, nüktedan ve şakacı idi. Kendisinden kaç yaş küçük olursa olsun herkese "Bey" diye hitap ederdi.
Atsız, 1975 yılının kasım ayının ortalarında hasta olduğundan şüphelenmiş, ancak yapılan muayene ve testler sonucunda bir hastalık bulunamamıştır .10 Aralık 1975 Çarşamba gününün akşamı kalp krizi geçirmiş, gelen doktor enfarktüs olduğunu anlayamamıştır. Ertesi akşam Atsız'ı ziyaret eden ikinci bir kriz, 11 Aralık 1975 Perşembe günü Atsız'ı aramızdan alıp götürmüştür.
Yarım asırdır hiç bir kuvvetin Türk milliyetçiliğinin burcundan indiremediği bayraklarından birincisi olan Atsız’a Kurban Bayramı dolayısıyla ziyaret yapmak isteyenler, 13 Aralık 1975 tarihinde Kurban Bayramının ilk günü Kadıköy Osmanağa Câmii'nde son vazifelerini yerine getirdiler. Kılınan ikindi namazını müteakip Osmanağa Câmii'nden Karacaahmet mezarlığına kadar, onu eller üzerinde taşıdılar.
Türk milliyetçiliğinin öncüsü olan Atsız, aynı zamanda güçlü bir Türkolog’tur. Türk dilini, tarihini ve edebiyatını gayet iyi bilen Atsız, özellikle Türk tarihinin Göktürk devrini âdeta yaşamışçasına bilir ve severdi. Çok sevdiği bu devreyi Bozkurtların Ölümü ve Bozkurtlar Diriliyor adlı iki eser ile romanlaştırmış ve Göktürkleri Türk milletine tanıtarak sevdirmiştir. Deli Kurt adlı romanı Osmanlı tarihinin ilk devrelerinin romanlaştırılmış şeklidir. Ruh Adam'daki Selim Pusat'ın şahsiyetinde Atsız'ı görürüz. Ruh Adam'ın devamı olarak Yalnız Adam'ı yazacağını söylüyordu. Yine yazacağını bildirdiği bir eseri de Bozkurtlar'ın 3. cildi idi. Yayınlanmamış eserlerinin içerisinde II. Mahmut'tan Günümüze Kadar Osmanlı Hanedanı Tarihi’ni zikredebiliriz.
Atsız’ın şiirleri Yolların Sonu adı ile kitap halinde defalarca basılmıştır. Türk Ülküsü, 900.Yıldönümü, Türk Tarihinde Meseleler gibi eserlerinin yanı sıra, Dalkavuklar Gecesi ve Z Vitamini adlı iki de mizah romanı da vardır.
(Bu biyografi, Osman F. Sertkaya’nın Kültür ve Turizm Bakanlığı Yayınları -Ankara 1987, nu.847) arasında çıkan Nihal Atsız adlı kitabından alınmıştır